医药行业分工日益精细，中小企业的运作模式需要与多个供应商产生联系。在原料或半成品的购进环节，在货物运输环节，往往夹杂着增值税负担。这些环节就是纳税筹划的用武之地，税收筹划可以使采购环节更为合理，更为有效，在不影响企业正常运作与采购质量的前提下，进行合理筹划，使成本观念贯穿于企业经济活动的始终。
值得注意的是，许多涉税业务是通过合同的形式体现的，合同如何签订将直接影响到税收结果。因此，“营改增”后纳税人在签订经济合同时要根据最新税收政策来斟酌、规范合同条款，例如在合同价款标明是否为含税价。通过合同的规范化构建有利于自身税收利益的业务流程，并按照签订的合同统一安排纳税事宜，将有利于企业更主动地实现纳税筹划目标。
随着化学药“5.2类”相关配套的法规完善，越来越多企业会引进国外产品。进口与出口的营销行为，不可避免地会产生进项税，此时所产生的进项税可以用营改增政策下的税收筹划进行有效规避。企业可以将自身的劳务服务进行外包，如产品推广外包和注册外包等，通过外包模式抵扣一部分进项税，使税负趋于最小化。
两票制和营改增双重压力下，对于“会议费”很高的处方药企业，从成本和税票安全的角度，可能会更多地选择会议外包服务进行学术营销。此类会议将更合规，特别是注重会议内容和效果，又能降低处方药企业的人力成本。
此外，最近CFDA督促流通企业自查挂靠和过票，这意味着大批营销人员面临劳务费和福利费等税费问题。劳务费和税费是不能作为抵税的进项，这意味着个别不规范的企业面临人力成本急剧上升的压力。企业面临产品价格下降和人力成本上升双重压力之下，必然需要寻找其它方式提高降低人力成本，数据分析与营销活动或许是一个方向：通过互联网和软件管理各类大范围、多频次和跨渠道的活动，管理客户营销记录和客户分组信息，以满足逐渐细化的客户群体及其个性化的需求。
3、业务重组与规划
企业合并、分立与清算是企业重组的三大方式，而企业重组又是企业战略管理的一部分，它不仅会影响企业的生产经营，还会影响企业的税收负担。因此，“营改增”后，企业在重组过程中要充分考虑税负问题。
另外，企业也可以在不影响生产经营的前提下，为了减轻税负而进行企业重组，这就是纳税筹划方案设计的企业重组理念。但是，税负问题仅仅是其中一个考虑因素，如果分立后运营成本的增加额高于税负的减少额，企业将会得不偿失。
企业通过将涉及到差异化税率的业务整体分拆重组方式，可实现减税目的。由于运输费用可抵扣比例大幅提高，特别是物流辅助服务业也纳入“营改增”项目，企业运输费用成本降低较多，因此一些运输量较大的企业可将运输物流下所有资产、资金、技术、人员和管理等全部剥离，成立一家子公司，所有运输业务均由该子公司承担。但是，由于医药行业的特殊性，“两票制”的缘故，把配送交给医药大商业更适合，于是更多企业可能会选择放弃自办运输。
此外，“营改增”后，国家的税收优惠政策为高新等各种不同资质的企业在进行纳税筹划方案设计时，提供了许多选择机会，特别是充分利用一些高新区和自贸区的企业引进政策。中小企业在涉税业务发生之前要把握好这些机会，通过企业分立、合并等方式，充分利用各项优惠政策，依此进行纳税方案设计，以确保纳税筹划目标的实现。纳税方案选择的不同将产生不同的税收结果，抓住有利时机就意味着找到好的纳税筹划路径。
小结<<<
医药行业可抵增值税的进项较少，这将大大增加医药企业经营系统的风险。“营改增”之后，医药企业内部的税务管理将成为影响企业发展的关键点。在“营改增”的推动下，医药企业有可能增加研发的投入，经营更合规且学术推广阳光化。
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